在诊断非淋菌性尿道炎时，常常需要与淋菌性尿道炎、前列腺炎鉴别。非淋菌性尿道炎的特点是症状较淋病为轻，潜伏期较淋病为长，分泌物较淋病为清稀。而慢性前列腺炎也常常伴有尿道的不适和尿道口出现分泌物，但慢性前列腺炎主要是会阴不适，排尿不畅，尿道口分泌物为前列腺液。
由于非淋菌性尿道炎经常与其他疾病的症状混淆，如何诊断是否患了非淋菌性尿道炎成为当务之急，以下向你介绍几种诊断非淋菌性尿道炎的方法：
1、尿道分泌物和尿液的检查。对男性常用排除淋病后的尿道分泌物涂片中PMN计数法，高倍（400倍）每视野PMN10个以上，或油镜（1000倍）每视野PMN4个以上可作诊断。PMN不是在全部涂片中，而有集中性这些PMN可见于是60-90%的有症状患者，但也会有15-50%查不到PMN，所以这一诊断方法仍不完全可靠，刚排过尿也可减少涂片中PMN的数目，但对那些有不洁性交史和有尿道貌岸然分泌物者，少数PMN也要考虑诊断。
另一个方法是分段尿涂片法：前功尽弃5毫升尿轩于一个容器，以后的尿轩于另一个容器。粘液索存在于第一部分而不存在于第二部分提示尿道炎。这两部分分别离心沉淀400倍镜检，第一部分尿视野中有10个以上PMN强烈支持尿道炎，特别是第一部分尿比第二部分尿中PMN多，但同等数量提示膀胱炎或肾盂炎。这一分段尿涂片方法比棉拭子插入尿道取分泌物涂片优越，很敏感，每当00倍视野中草药0个以上PMN见于80%的男性非淋菌性尿道炎患者。
从尿道分泌物或尿液涂片中诊断淋病并发非淋菌性尿道炎是不行的，因为淋菌性尿道炎也存在许多PMN。衣原体非淋菌性尿道炎与支原体非淋菌性尿道炎除分离出病原体外，涂片上也涌区别，有人指出沙眼衣原体所致的非淋菌性尿道炎在涂片镜下可见到滤光（相似于沙眼中的发现），但一般很难看到滤泡，以致未被公认。
Perea等和Veeravahu等提出用白细胞脂酶活性快速筛选非淋菌性尿道炎，因为白细胞脂酶为PMN所特有，其活性与PMN的数目有直接关系。具体方法是用一个含吲哚酚羧酸脂的滤纸条浸入尿中草药秒钟，根据反应的颜色判断结果（淡红至紫色），不同的颜色变化可以定量地反映出尿中PMN的数目，但无特异性，只能用于非淋菌性尿道炎的筛选，特别是无症状者。
2，直接涂片检查。即在感染细胞的涂片上染色，直接检查沙眼衣原体包涵体，染色方法有姬姆萨，碘和免疫荧光法。这一染色法公在重症沙眼和新生儿的沙眼衣原体D-K血清弄所致的结膜炎有应用价值，对生殖器衣原体感染不敏感，敏感性仅50%左右，因为生殖器感染能取得的上皮细胞少，包涵体更少。
目前在直接涂片检查方面有两种已经商品化的实验室检查方法，也是近几年来衣原体感染诊断方法的重大进展：①直接涂片的单克隆抗体荧光染色法（MicroTraktest），用荧光素标记的抗衣原体单克隆抗体来检查细胞涂片中的衣原体，检查原生小体主要外膜蛋白的抗原决定簇，在染红的上皮细胞中或细胞外有苹果绿色针尖大小的光点，可在92-95%沙眼衣原体培养阳性的男性病人中发现，但技术要求高。标本取法：男性2h以上不排尿，棉拭子插入尿道2-4cm，轻轻旋转5s，放置2-3s，然后取出培养。女性用窥阴器充分露暴宫颈，第一根拭子将宫颈表面分泌物擦掉，第二根拭子插入宫颈1-2cm，旋转10s，停2-3s，取出拭子，不要碰阴道壁。②衣原体酶染色法，直接从标本中查衣原体抗原，已经制成反应盒，敏感性67-97%，特异性92-98%。
此外，细胞学方面的新的抗原检测方法如免疫过滤染色，衣原体质粒和染色体DNA探针以及核酸杂交法诊断衣原体感染，目前都在进一步的研究中。
3，病原体培养：对沙眼衣原体的分离成功是最好的确诊方法。
细胞培养：常用的细胞为Mccoy细胞和Hela229细胞，这是检查衣原体感染最可靠的方法。
酶标抗体(ELISA)法。在体外培养的方法有三种：鼠脑内、腹腔内和静脉内接种，鸡胚卵黄囊接种和细胞培养。
支原体也需要经过培养而鉴定。
4，血清学诊断：此法在临床应用上不够满意，特异性和敏感性不很高。衣原体血清学检查应以微量免疫荧光法为主。在明确诊断非淋菌性尿道炎方面，血清学虽不能代替衣原体分离，但在感染流行中排除某些人群仍是经济有效的方法。
5，酶链聚合反应(PCR)。可对衣原体、支原体。原理上十分可靠，但由于对实验室条件要求很高，目前国内很多医院、诊所的条件不具备，反而是最不可靠的方法之一。卫生部明文规定不能以PCR结果确诊。
6，尿道分泌物革兰氏染色后镜检非淋菌性尿道炎。
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