（一）潜伏期10~20天
（二）典型症状
尿道刺痒、疼痛和烧灼感，伴有或轻或重的尿急、尿痛和排尿困难，但较淋病性尿道炎为轻。分泌物亦较淋病少、稀薄，自行流出现象很少见，当长时间不排尿或晨起首次排尿前，尿道外口可溢出少许粘液性分泌物，有时仅有薄薄的痂膜封口或裤裆污染，稍不细心则痂膜即被尿流冲失，检查时尿道口的炎症性水肿为主。同性恋患者则会引起直肠炎肛门灼热，有粘液分泌物。
还有些病人可无任何症状，由于发病缓慢，症状不典型，加之衣原体感染与其他病原所致泌尿系感染十分相象，白细胞不高，体温正常，致使此类病人至少有60%以上初诊时被误诊。
（三）并发症
（1）附睾炎常与尿道炎同时存在。通常35岁以上的附睾炎由尿道内细菌积留引起，35岁以下的附睾炎中50%是由衣原体所致，附睾多为单侧肿大，坠痛。
（2）前列腺炎有专家认为，本病是衣原体侵入人体所引起的变态反应性疾病。此推断尚无充足论据。症见前列腺部轻度疼痛，会阴部和外生殖器在性欲高潮时疼痛加重。肛门指检前列腺肿大、柔软。前列腺按摩液内无淋球菌、WBC5/HP以上。
（3）Reiter综合征。极少数病人伴有，患者为血清HLA—B27单倍型抗原遗传倾向者，表现为尿道炎、关节炎、角膜炎、结膜炎和皮疹
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